Ornitologové hnízdiště pravidelně monitorují a ve spolupráci s lesníky zajišťují klid pro hnízdění. Orel mořský je totiž velmi citlivý na rušení, především v prvních měsících hnízdění, kdy může po vyrušení snadno dojít k zastydnutí snůšky nebo i k predaci mláďat orlů. Krajský úřad proto apeluje na vlastníky lesů, aby těžbu kůrovcového dřeva v okolí hnízd plánovali od konce června do začátku ledna, kdy je riziko vyrušení výrazně nižší.

Orel mořský patří mezi kriticky ohrožené druhy. Na Vysočině se i přesto můžeme setkat s jednotkami případů záměrných otrav těchto majestátních dravců. „Konkrétně u Buřenic na Pelhřimovsku a nedaleko Stonařova na Jihlavsku někdo použil zakázaný nervový jed karbofuran, který způsobí zvracení, průjmy, křeče a ochrnutí a nakonec živočich umírá udušením za plného vědomí kvůli ochrnutí dýchacích svalů. V případě nálezu otráveného dravce je z hlediska bezpečnosti nezbytné na nic nesahat a zabránit přístupu dalších lidí, dětí i zvířat. Pro nahlášení nebo konzultaci situace je nejlepší se prakticky okamžitě obrátit na Českou společnost ornitologickou. Letos byl na Vysočině zaznamenán také jeden případ, kdy auto srazilo samici orla mořského.